Nawet przy wypełnieniu wyżej wymienionych warunków osobnik szczepiony BCG w pewnych okolicznościach może zachorować na gruźlicę. Należy wobec tego zadać pytanie, jakie czynniki wewnątrz- czy zewnątrzustrojowe decydują możliwości zachorowania na gruźlicę pomimo szczepienia BCG? Na pierwszym miejscu należy postawić styczność z chorym prątkującym. Jeżeli osobnik -szczepiony BCG w krótkim czasie przed szczepieniem lub po szczepieniu w okresie przedalergicznym zakazi się gruźlicą, może ona rozwinąć się. w każdej postaci, tak samo jak u osobnika nie szczepionego BCG. Przypadki te są zazwyczaj błędnie interpretowane jako brak skutecznego działania szczepionki BCG.

Wreszcie nawet osobnik skutecznie zaszczepiony BCG z wytworzoną alergią poszczepienną może zachorować na gruźlicę, co zdarza się bardzo rzadko. Sprzyjają temu: choroby zakaźne, niedobory żywienia, stressy itp. oraz wysoki stopień narażenia na zakażenie żywym i zjadliwym prątkiem. Zakażenie gruźlicą u tych osobników przebiega zazwyczaj łagodnie lub bezobjawowo we wczesnych okresach zakażenia, natomiast w przyszłości może być źródłem gruźlicy popierwotnej.